El Doctorado en Ciencias en Biosistemática, Ecología y Manejo de Recursos Naturales y Agrícolas (BEMARENA) de la Universidad de Guadalajara, surge como una iniciativa que busca sumar fortalezas y hacer sinergia de tres centros de la Red Universitaria de Jalisco para crear un programa de posgrado de calidad, cuyas características le permitan competir con ofertas afines en los campos de las ciencias biológicas, ecológicas, ambientales y agrícolas, tanto en el ámbito nacional como en el latinoamericano.
La propuesta viene a ser una interesante respuesta a la necesidad institucional de fortalecer el posgrado en el área de las ciencias biológicas y agropecuarias. Esta iniciativa fue tomada por los Centros Universitarios de Ciencias Biológicas y Agropecuarias, de la Costa Sur y de la Costa, integrando un equipo de trabajo con la participación de profesores y cuerpos académicos de diversos departamentos, y de directivos de los tres centros, que iniciaron los trabajos en el mes de febrero de 2006. La propuesta también significó el desarrollo del concepto de "Posgrado Intercentros", que hemos propuesto incluir en la normatividad universitaria.
El Doctorado BEMARENA inicia su operación en el ciclo 2007-B, y desde enero de 2008 está incluido en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad del CONACYT (PNPC) por su calidad y alto potencial de desarrollo. Ello implica que los alumnos que ingresen a este programa pueden competir por becas del propio CONACYT, para su dedicación exclusiva a la obtención del grado de Doctor en Ciencias. Así mismo, el Doctorado BEMARENA es parte del programa interinstitucional Espacio Común de la Educación Superior (ECOES), dentro del Espacio Común de Posgrado en Ciencias Biológicas (ECOEP - Biológicas), en el cual se fortalece el proceso de formación de los estudiantes mediante intercambios de estudiantes y profesores entre instituciones de alto nivel académico. Finalmente, vale la pena resaltar que este programa de doctorado cuenta con vínculos de intercambio con varias instituciones extranjeras que también incrementan el nivel de formación de los estudiantes.