Dirección de la tesis titulada “Variación de la estructura del ensamblaje bacteriano asociado al mucus de los corales Pocillopora damicornis y Pocillopora verrucosa del Pacífico central mexicano y su relación con variables ambientales”, del estudiante de doctorado Joicye Hernández Zulueta, del Doctorado BEMARENA, CUCBA, Universidad de Guadalajara. Estatus: Estatus: Presentada. 5 de octubre 2016
Dirección de la tesis titulada “Ecología y afinidad biogeográfica de los moluscos (Gastropoda y Bivalvia) asociados a comunidades y arrecifes de coral del Pacífico tropical mexicano”, del estudiante de doctorado Norma Arcelia Barrientos Luján, del Doctorado BEMARENA, CUCBA, Universidad de Guadalajara.Estatus: Presentada. 15 de enero 2018
Co-director de la tesis titulada “Determinación de complejos de especies clave en ecosistemas de diferente estructura trófica y organización (coralinos y de surgencia): una contribución para el diseño de estrategias de manejo y protección de áreas marinas intervenidas, de la estudiante de doctorado Brenda Berenice Hermosillo Núñez. Doctorado en Ciencias Aplicadas Mención Sistemas Marinos. Facultad de Recursos del Mar. Universidad de Antofagasta, Chile. Estatus: Presentada. 14 de junio 2018
Co-director de la tesis titulada “Los peces gobios (Gobbiformes: Gobidae) del Pacífico oriental tropical: riqueza, distribución y biogeografía”, del estudiante de doctorado Omar Valencia Mendez. Doctorado en Ciencias Biológicas y de la Salud. Unidad Iztapala. Universidad Autónoma Metropolitana, México. Estatus: Presentada. 4 de octubre 2019
Dirección de la tesis titulada “¿La diversidad funcional es una medida de estabilidad ecosistémica? Una evaluación de ecosistemas de arrecife del Mar Caribe y Pacifico Central Mexicano.”, del estudiante de doctorado Ignacio Patricio Cáceres Salazar, del Doctorado BEMARENA, CUCBA, Universidad de Guadalajara.Estatus: Presentada. 15 de julio 2020.
Dirección de la tesis titulada “Impacto Del Huracán Dean en el funcionamiento trófico y emergía del arrecife de coral de Banco Chinchorro, México”, del estudiante de doctorado Esmeralda Citlalli Ibarra García, del Doctorado BEMARENA, CUCBA, Universidad de Guadalajara.Estatus: Presentada. 02 de junio 2021.
