El Doctorado en Ciencias en Biosistemática, Ecología y Manejo de Recursos Naturales y Agrícolas (BEMARENA) es un posgrado inter-centros reconocido en el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad del CONACyT.
Dando que BEMARENA es un posgrado inter-centros se oferta en colaboración con el Centro Universitario de Ciencias Biológicas y Agropecuarias y el Centro Universitario de la Costa, este último con sede en Puerto Vallarta. El CUCSur ofrece dos de las cinco orientaciones del posgrado:
- La orientación en Ecología y Manejo de Recursos Naturales, que conduce el Departamento de Ecología y Recursos Naturales en la sede de Autlán.
- La Orientación en Ecología y Manejo de Recursos Costeros y Marinos, que brinda el Departamento de Estudios para el Desarrollo Sustentable de Zonas Costeras, con sede en San Patricio-Melaque.
