Incluye el desarrollo de investigaciones en apoyo a proyectos de manejo pesquero (ej. planeación, reglamentación, creación de refugios pesqueros) y/o manejo para conservación de la biodiversidad. Abarca, entre otros, estudios encaminados a la identificación de zonas de cría de especies comerciales o con interés para la conservación, el mapeo de caladeros y del esfuerzo de pesca, la restauración de corales y las características de los manglares asociados a humedales costeros priorizados a nivel nacional. En esta línea se busca integrar la información generada en las dos líneas previas y aplicarla en la resolución de problemas de gran relevancia actual como lo son el agotamiento de recursos pesqueros, la pérdida de hábitat y disminución de la biodiversidad. Como un aspecto esencial, se integran los componentes sociales para el manejo sustentable de los recursos naturales costeros, incluyendo formas de manejo basadas en la participación de las comunidades humanas costeras
